Buon Natale!

Tratto da freepick

 In occasione del Santo Natale questo blog si prende un paio di giorni di pausa. 

Auguri a tutti ed, in particolare, alle persone che in questo momento si trovano in grande difficoltà a causa della pandemia. Con la speranza che presto la pandemia possa diventare solo un brutto ricordo e che il blog possa chiudere definitivamente.

Una domanda: che fine fanno i dati che la Provincia Autonoma di Trento comunica al Sistema di Sorveglianza Integrata?

Oggi, vigilia di Natale, l'Istituto Superiore di Sanità ha anticipato di un giorno la presentazione del rapporto settimanale sull'andamento della pandemia in Italia. All'interno del rapporto c'è la solita tabella sulla prevalenza del virus. Ve la mostro qui di seguito:

Tratto dal Rapporto ISS

 

Il dato che ha attratto la mia attenzione è quello del numero dei casi registrati in Trentino durante la settimana che andava dal 14 al 20 dicembre. Si tratta dei casi comunicati al cosiddetto Sistema di Sorveglianza Integrata che è un canale ben distinto rispetto ai dati comunicati alla Protezione Civile nazionale (PCN). Ci possono essere degli sfasamenti temporali tra le due serie di dati anche se in una situazione come l'attuale, caratterizzata da un livello di nuovi contagi abbastanza stabile, non mi aspetto che ci siano delle differenze abissali. 

Ho provato a vedere i dati comunicati da Trentino, Veneto ed Emilia-Romagna (le tre Regioni/PPAA che secondo il rapporto ISS presentavano la più alta circolazione del virus) confrontandoli con quelli della Protezione Civile Nazionale. Tenuto conto che la Protezione Civile Nazionale riporta i dati con un giorno di ritardo rispetto alla data in cui viene eseguito il test, ho considerato i dati dal 15 al 21 dicembre.

Ecco il risultato:

	Tabella ISS	Dati PCN	Dati veri
Trentino	1.154	1.685	2.266
Veneto	24.362	26.036
Emilia-Romagna	8.702	10.860

Ricordo che i dati della Protezione Civile Nazionale possono essere leggermente diversi rispetto a quelli dell'Istituto Superiore di Sanità a causa degli sfasamenti temporali esistenti tra i due sistemi di raccolta dei dati. Vediamo che i dati ISS sono inferiori ai dati PCN, ma il Trentino è il territorio con la differenza percentuale decisamente più elevata (-31.5%). 

Ricordo inoltre che la Protezione Civile Nazionale pubblica solo i dati relativi ai positivi molecolari, fatto che determina una forte distorsione dei dati per i territori, come il Trentino, che sottopongono sollecitamente a test molecolare di conferma solo una parte dei positivi antigenici (a novembre quasi nessuno veniva confermato). Durante il periodo considerato, il Trentino ha confermato con tampone molecolare meno di 1000 dei circa 1500 positivi trovati con tampone antigenico.  

È molto significativo il fatto che, unico caso in Italia, il Trentino registri una mediana del tempo tra insorgenza dei sintomi ed esecuzione del tampone molecolare pari a ben 11 giorni. Fino a due settimane fa tale valore era pari a 3-4 giorni, improvvisamente saliti a 9 la scorsa settimana. A conferma del fatto che dopo la prima settimana di dicembre il Trentino ha cominciato a fare tamponi di conferma ai positivi antigenici che a novembre venivano lasciati a casa in attesa di tornare virologicamente negativi. Adesso i tamponi molecolari di conferma si fanno, ma con grande calma! 

Questo fatto è evidenziato anche dal grafico dei dati che l'ISS ha utilizzato per il calcolo dell'indice di trasmissione del contagio in Trentino:

Tratto da rapporto ISS

Le barre più scure che appaiono nel grafico corrispondono ai casi sintomatici classificati in base alla data di insorgenza dei sintomi. Questi sono i dati utilizzati da ISS per il calcolo di R. Molti dei positivi antigenici che sono stati confermati con il tampone molecolare dopo la prima settimana di dicembre sono andati a ricadere sulle settimane precedenti, producendo un doppio picco artificiale, con un minimo localizzato intorno alla metà di novembre (indicato nel grafico da una freccia rossa). Se non mi credete, confrontate la figura mostrata sopra con l'analogo grafico di due settimane fa.

Se andassimo a ricalcolare il valore dell'indice di trasmissione del contagio sulla base di questi dati avremmo ottenuto per le settimane precedenti valori molto più alti di R. Ma ormai ISS non andrà certamente a ricalcolare i vecchi valori di R e si tengono per buoni i valori sbagliati. Paradossalmente oggi, poichè molti casi sintomatici nuovi non li abbiamo ancora comunicati (lo faremo tra una o due settimane) il valore dell'indice R appare relativamente basso. Un esempio da manuale di come i famosi 21 indicatori ISS possano essere facilmente aggirati.

A fronte di tutto questo cosa fa l'ISS? Nulla. Si limita a segnare con un segno # le Regioni/PPAA (tabella 3 del rapporto) che sono in ritardo nella comunicazione dei dati (non c'è solo il Trentino, ma nessuna ha tempi così grandi tra sintomi e tamponi). Eppure non ci vorrebbe Sherlock Holmes per capire cosa sia successo.

In conclusione, nella settimana dal 15 al 21 dicembre in Trentino sono stati comunicati complessivamente 2.266 nuovi contagi (molecolari + antigenici - antigenici confermati con i molecolari), quasi il doppio rispetto a quelli conteggiati da ISS. Se ISS avesse preso in considerazione il vero  numero dei contagi, la prevalenza del Trentino sarebbe stata più o meno  allineata con  quella del Veneto.

La Provincia Autonoma di Trento sostiene di comunicare al Sistema di Sorveglianza Integrata i dati completi di tutti i contagi. Sono stati davvero comunicati tutti i dati? Che fine hanno fatto questi numeri?

Rapporto SiSMG: aggiornamento a metà dicembre

Il Centro Nazionale  per la Prevenzione e Controllo delle Malattie (CCM) ha da poco messo in rete la versione aggiornata al 15 dicembre con i dati sulla mortalità in alcune città "campione" italiane.  Come ho già scritto in diversi post precedenti, questa analisi è basata sui dati forniti dalle anagrafi comunali ed evidenza l'eccesso di mortalità causato dalle ondate pandemiche, senza entrare nel merito delle cause a cui sono stati attribuiti i decessi. In altre parole, quelli che vengono evidenziati sono i decessi "in più" registrati in concomitanza con le ondate pandemiche, eliminando alla radice tutte le discussioni tra "morto per" e "morto con" Covid. 

Ecco i grafici per il Nord del Paese e per il Centro-Sud:

Tratto da Rapporto SiSMG

 

Ricordo che questi non sono ancora i dati ISTAT definitivi perché riguardano solo alcune città "campione". Sono comunque abbastanza indicativi dell'andamento generale e ci permettono di trarre alcune conclusioni.  

Osserviamo che, sia al Nord che al Centro-Sud, l'eccesso di mortalità legato alla seconda ondata pandemica si sta lentamente riducendo. Il livello di mortalità registrato nella seconda settimana di dicembre si colloca circa a metà strada tra il picco registrato nella seconda metà di novembre ed i livelli medi osservati durante gli anni precedenti (linea tratteggiata). Al Centro-Sud l'effetto della seconda ondata è stato senz'altro più rilevante rispetto alla prima ondata (che quasi si confondeva con le normali fluttuazioni statistiche attese per i valori di mortalità). Al Nord, l'ampiezza del picco associato alla seconda ondata è minore rispetto al picco della prima ondata. In realtà, quella che conta davvero è l'area del picco (tecnicamente il suo integrale) e fino a che l'effetto della seconda ondata non si sarà completamente esaurito non potremo dire nulla di conclusivo sull'entità dei decessi associati alle due ondate.

Vediamo infine l'aggiornamento per le città di Trento e Bolzano:

	Novembre				1-15 dicembre
	Attesi	Osservati	Aumento	p-value	Attesi	Osservati	Aumento	p-value
Trento	74	145	+96%	< 0,001	38	76	+100%	< 0,001
Bolzano	79	181	+129%	< 0,001	46	79	+72%	< 0,001

Nella prima metà di dicembre, l'eccesso di mortalità nella città di Trento supera quello di Bolzano, coerentemente con l'andamento dei dati delle statistiche Covid.

Segnalazione: "The Conversation" un sito indipendente gestito dalla comunità accademica e della ricerca britannica

 

Vi segnalo il sito britannico "The Conversation" che, tra le sue numerose ed interessanti sezioni, ne comprende una specificamente dedicata alla pandemia di Covid-19. Il sito è indipendente rispetto a qualsiasi altro gruppo editoriale, sia del web che della carta stampata, ed è alimentato da contributi scritti da un qualificato gruppo di accademici e ricercatori britannici, sotto licenza Creative Commons. La speciale sezione dedicata alla pandemia la trovate qui.

Esistono versioni del sito che fanno uso di lingue diverse dall'inglese (ad esempio, francese e spagnolo), anche se purtroppo non c'è una versione in italiano.

Stima dell'indice R aggiornata al 23 dicembre

Ecco la stima definitiva dell'indice di trasmissione del contagio R riferito ad oggi 23 dicembre (il dato è mediato sui 14 giorni che andavano dal 10 dicembre ad oggi). Anticipo anche una proiezione per il prossimo 30 dicembre del tutto preliminare considerato che mancano ancora i dati di una intera settimana.

I punti rossi sono le stime ufficiali rilasciate dall'Istituto Superiore di Sanità. La linea ed i punti blu (ed i valori numerici) sono le stime basate sul mio modellino empirico

La tendenza non è molto diversa rispetto a quella osservata già da un paio di settimane. L'indice R ha smesso di calare e mostra un piccolo rimbalzo. Fino ad oggi non c'è evidenza che l'indice (ricordo che si tratta del valore nazionale) abbia superato il valore critico R =1. Di buono, possiamo dire che, almeno per il momento, non c'è evidenza di una risalita "all'inglese".

Nel fine settimana, l'ISS ci fornirà la sua stima sul valore di R nel giorno 16 dicembre. Al momento gira una bozza secondo la quale il valore sarebbe uguale a 0,9 (contro il valore 0,92 che ho stimato con il mio modellino empirico).

I contagi del Nord-Est: cittadini imprudenti, tamponi rapidi antigenici utilizzati in modo improprio oppure è già arrivata la variante inglese?

Questo periodo dell'Avvento è stato caratterizzato da un calo dei nuovi contagi che  - complessivamente - è meno rapido di quanto sarebbe stato auspicabile. L'indice di trasmissione del contagio (dato nazionale) nella seconda metà del mese di novembre era sceso sotto la soglia critica R = 1. A fine novembre sembrava calare ancora puntando verso quota 0,75, ma nelle ultime settimane assistiamo ad una inversione di tendenza con l'indice che si riavvicina pericolosamente ad 1. 

Andando a vedere come vanno le cose a livello regionale, notiamo che il Nord-Est è la parte d'Italia più colpita dal contagio. Il dato del Veneto è ben noto ed è stato oggetto di interessanti analisi che sono apparse su diversi quotidiani nazionali. Il dato ufficiale dei contagi in Trentino è apparentemente migliore rispetto a quello del Veneto, ma sappiamo che si tratta solo di una "illusione ottica" perché i dati ufficiali del Trentino trascurano gran parte dei positivi antigenici.

Se guardiamo la densità dei decessi, Friuli V. G., Trentino e Veneto occupano 3 delle prime 4 posizioni di questa triste classifica. Al terzo posto troviamo la piccola Valle D'Aosta che sta scontando gli strascichi di alcuni intensi focolai epidemici registrati durante lo scorso mese di novembre.

La seconda ondata pandemica è stata fin qui caratterizzata da andamenti fortemente differenziati a livello territoriale. All'inizio sembrava che il contagio colpisse principalmente le Regioni del Centro-Sud. Poi tutto il Nord Italia è diventato la zona con la maggiore circolazione del virus e, nel corso delle ultime settimane, sembra che il Nord-Est sia la zona più colpita. Un caso? Ci sono ragioni che possono spiegare quello che sta accadendo?

Le ipotesi si accavallano e, senza prove solide, è difficile adottare l'una o l'altra spiegazione. Al momento disponiamo solo di indizi, anche se non sarebbe difficile procurarsi prove più consistenti.

Procedendo con ordine vediamo alcune delle possibili cause che potrebbero essere invocate per spiegare i recenti dati del Nord-Est (notate che l'una non esclude necessariamente l'altra e non è detto che la causa principale sia la stessa per tutti i territori):

1. Veneto e Trentino sono state tra le pochissime Regioni/PPAA restate sempre zona gialla. Nel caso del Trentino sappiamo cosa è stato fatto per ottenere questo risultato. Il Veneto i suoi dati li ha sempre comunicati regolarmente, ma c'è da domandarsi se il "barocco" sistema dei 21 indicatori ministeriali fosse effettivamente adeguato per cogliere le eventuali criticità. Personalmente ritengo che il sistema dei 21 parametri sia lacunoso ed inconsistente, facilmente aggirabile con banali manipolazioni dei dati. Ma questa è solo la mia opinione. La permanenza in zona gialla - aldilà della mancata attivazione di specifiche restrizioni - potrebbe aver fatto percepire ai cittadini una idea falsata della pandemia. Poiché sappiamo che, oltre alle limitazioni imposte per decreto, la circolazione del virus dipende criticamente dalle scelte e dai comportamenti individuali, avere creduto che la situazione fosse tutto sommato discreta potrebbe aver indotto molte persone a comportamenti imprudenti.
2. La seconda spiegazione potrebbe essere legata al grande uso (e, a mio avviso, talvolta all'abuso) dei tamponi antigenici rapidi. Alla fine dello scorso mese di ottobre Azienda Zero, braccio operativo della Regione Veneto ha gestito un maxi appalto pari a 148 milioni di Euro per l'acquisto di tamponi rapidi antigenici che, in parte sono andati anche a Friuli V. G., Trentino, Lombardia, Emilia Romagna, Piemonte e Lazio. Come siano stati distribuiti i tamponi rapidi e quale uso ne sia stato fatto non sono in grado di dirvelo. Nel caso del Trentino e del Veneto sappiamo che sono diventati lo strumento di punta per la ricerca dei positivi, anche se il Veneto, a differenza del Trentino, ha continuato a confermare i positivi antigenici con il test molecolare. Come ho già avuto modo di discutere in un post precedente i tamponi rapidi antigenici funzionano bene per confermare la positività di persone sintomatiche, soprattutto quando c'è l'evidenza epidemiologica del contagio. Se i tamponi rapidi si usano per cercare "alla cieca" positivi asintomatici la loro efficacia è senz'altro minore, con il rischio, in alcuni casi, di intasare i sistemi di rivelazione con falsi positivi. In estrema sintesi, un uso inappropriato dei tamponi rapidi antigenici potrebbe lasciare in giro molti positivi con carica virale medio-bassa, magari solo perché al momento in cui avevano fatto il tampone erano nella fase iniziale dello stato virologicamente positivo. Tutte persone che possono contagiarne altre, illuse anche del fatto di essere risultate negative al test rapido. Mi risulta che in Veneto i tamponi rapidi siano stati usati anche per testare lo stato delle persone che lavorano negli ospedali. Francamente non mi sembra una grande idea!
3. La terza spiegazione è che esista una qualche connessione con quello che a dicembre è accaduto nel Sud-Est dell'Inghilterra e che la variante inglese di SARS-CoV-2 sia già ampiamente diffusa anche nel Nord-Est italiano. Qualcuno oggi faceva vedere la curva dei contagi del Veneto mostrando la forte similitudine con l'andamento recente dei dati inglesi. Purtroppo il sistema sanitario italiano non è ben attrezzato come quello britannico per la mappatura dei genomi virali. Abbiamo ottime Università e Laboratori specializzati, ma - a differenza di quanto accaduto in Gran Bretagna - non è mai stato fatto un piano nazionale per coordinare (e finanziare) tali attività. I sequenziamenti vengono fatti da diversi laboratori, ma sono il risultato di iniziative sporadiche, talvolta sottovalutate dalle stesse Autorità sanitarie che dovrebbero sostenerle. Forse qualche burocrate è convinto che sequenziare i genomi virali sia una attività di mero interesse accademico, utile solo per generare qualche pubblicazione scientifica. Non è così. I dati forniti dal sequenziamento sono fondamentali per seguire le possibili mutazioni del virus, ma anche per capire le dinamiche del contagio. La gestione dei focolai virali più pericolosi potrebbe trarre un grande giovamento dalla conoscenza di questi dati (ammesso e non concesso che gli addetti al tracciamento sappiano come fare ad utilizzarli). Ai nostri amici d'oltremanica va dato atto che senza il programma sostenuto dal Governo britannico, difficilmente sarebbe stato possibile conoscere i dettagli sulla comparsa della variante inglese di cui oggi disponiamo.

Esaurito l'elenco delle ipotesi, vediamo quali potrebbero essere le indagini necessarie per cercare di capire meglio cosa stia succedendo nel Nord-Est. Certamente è prioritario recuperare il tempo perduto nel sequenziamento dei virus che circolano a livello nazionale. Non avevamo neppure un piano per affrontare la pandemia e sarebbe ingenuo sperare che l'Italia si doti in tempi brevi di un piano per monitorare la filogenesi virale sul territorio nazionale. Speriamo che, almeno in parte, sia possibile recuperare una serie di dati affidabili senza i quali qualsiasi discussione sarebbe inutile. Rischiamo di ripetere l'errore fatto questa estate quando molti sostenevano che il virus fosse "clinicamente morto" senza mostrare alcuna evidenza di una qualche mutazione virale che potesse sostenere le loro fantasiose ipotesi.

L'altro aspetto legato all'uso (o all'abuso) dei test rapidi antigenici richiederebbe un lavoro di tracciamento accurato dei contagi andando a verificare se nella rete di relazioni dei nuovi contagiati ci siano soggetti risultati recentemente negativi ad un tampone antigenico. Solo ricostruendo accuratamente un consistente numero di catene di contagio potremmo ottenere informazioni utili per capire se l'ipotesi sia valida oppure no.

L'ipotesi legata alla permanenza in zona gialla è più difficile da provare, anche perché il miscuglio incredibile di regole giallo/arancio/rosse che si sono sovrapposte durante gli ultimi due mesi rende la situazione molto complessa e difficilmente decifrabile. Potrebbe essere interessante vedere l'andamento di contagi nelle Regioni che hanno fatto un cambio di "colore", integrando questi dati  con i big data relativi alla mobilità delle persone (quelli che regaliamo a Google & Co. muovendoci con i nostri smartphone in tasca). In altre parole, l'idea sarebbe quella di verificare quanto il colore assegnato alle Regioni/PPAA abbia influito sulla mobilità delle persone e sulla loro frequentazione di spazi pubblici chiusi ed affollati. Correlando questo dato con l'andamento dei contagi potremmo trarre indicazioni utili per capire l'efficacia dei vari interventi stabiliti dai decreti della Presidenza del Consiglio.

Soltanto disponendo di dati più completi potremmo azzardare qualche ipotesi conclusiva. Per il momento il problema è aperto.

Se fosse necessario, 6 settimane basteranno per prepare una nuova versione "inglese" del vaccino Pfizer-BioNTech

Notizie su nuove varianti del SARS-CoV-2 sono riportate con grande evidenza dai mezzi di informazione. Il Sud Africa ha recentemente segnalato una nuova variante denominata 501.V2 (diversa da quella inglese), che  - sulla base delle poche informazioni disponibili - sarebbe fortemente contagiosa. Siamo alle solite: i virus mutano. Chi sperava che le mutazioni facessero emergere un ceppo dominante caratterizzato da una bassa letalità, almeno per il momento, è rimasto deluso.

Dopo il forte allarme scattato nei giorni scorsi in tutto il mondo, si stanno definendo meglio i contorni di quello che potrebbe essere l'impatto del nuovo ceppo virale, ormai noto come "variante inglese".

Un aspetto fondamentale è quello legato all'efficacia dei vaccini. Le stime attualmente disponibili sono tutte riferite al virus che circolava prima della comparsa del nuovo ceppo inglese. In una intervista rilasciata oggi, il Dr. Ugur Sahin, co-titolare di BioNTech, fa il punto della situazione.

Un primo dato importante riguarda la capacità del vaccino di fornire una adeguata protezione. La specificità del vaccino Pfizer-BioNTech (che tra poco incomincerà ad essere somministrato anche in Italia) è data da più di 1.000 aminoacidi che si ritrovano anche nel virus SARS-CoV-2. La sequenza di mutazioni che ha dato origine alla "variante inglese" ha modificato 9 di questi aminoacidi, lasciando inalterati tutti gli altri. Non è detto che il ruolo di tutti gli aminoacidi sia esattamente lo stesso, ma in termini puramente statistici possiamo dire che il vaccino "vede" il nuovo ceppo coincidere al 99% con quello precedente. Anche se non ci sono ancora prove di laboratorio che lo possano dimostrare, è ragionevole pensare che le modifiche del virus non siano tali da ridurre significativamente l'efficacia del vaccino (che, lo ricordo, per il virus pre variante inglese è molto alta, superiore al 90%).

La seconda notizia importante è che ci vorrebbero solo 6 settimane  per arrivare ad una nuova formulazione del vaccino che sia ottimizzata rispetto alla nuova variante virale. 

Aggiungo io che ci sarebbero comunque dei problemi produttivi perché le dosi di vaccino che sono state messe attualmente in distribuzione sono state prodotte nei mesi scorsi. Questo è stato possibile grazie  al sostegno dei Governi di alcuni Paesi e dell'Unione Europea che, di fatto, hanno coperto i diversi produttori dai rischi finanziari legati alla scelta di produrre con largo anticipo un vaccino prima di essere sicuri di ottenere l'autorizzazione per la sua commercializzazione.

In conclusione, molto probabilmente il vaccino attuale funzionerà bene nella sua attuale formulazione. Se fosse necessario apportare delle modifiche, basteranno poche settimane per arrivare alla formulazione ottimizzata. Produrre su larga scala una eventuale versione 2.0 del vaccino potrebbe richiedere più tempo, ma le prospettive di medio periodo (diciamo metà 2021) non dovrebbero cambiare in modo sostanziale a causa dell'avvento della "variante inglese".