venerdì 27 novembre 2020

Aggiornamento settimanale 27 novembre

Ultimo aggiornamento settimanale del mese di novembre che parte - come di consueto - dall'analisi dei decessi. Ci aspettiamo che la seconda ondata dei decessi sia l'ultima a raggiungere il punto di massimo (passano 12 giorni - valore della mediana - tra il contagio e l'eventuale  decesso).

Osservando l'andamento della curva possiamo prevedere che il picco potrebbe essere vicino, anche se purtroppo ormai da tre settimane stiamo viaggiando con un livello di decessi particolarmente alto (superiore a 5 decessi settimanali per ogni 100.000 abitanti). Purtroppo dovremo attendere ancora molte settimane prima di scendere su livelli meno critici. 

Continuano a girare fake news secondo cui il gran numero di decessi Covid sarebbe dovuto ad una impropria classificazione delle cause di morte. In particolare, qualcuno sostiene che vengano classificati come morti Covid casi legati a incidenti stradali o arresti cardiaci solo perché al momento del ricovero in ospedale le persone coinvolte erano state trovate casualmente positive al tampone. Non ci vuole una approfondita conoscenza della statistica per capire se questo effetto fosse vero, salirebbero i morti Covid "ufficiali", ma non avremmo un incremento di mortalità a livello dell'intera popolazione simile a quello che, purtroppo, stiamo osservando durante questo mese di novembre.

Per quanto riguarda il Trentino (vedi sotto, barra rossa) il dato dei decessi si conferma stabilmente tra i più alti a livello nazionale (la media nazionale è mostrata tramite la barra verde). Notiamo che questa settimana finalmente la Valle D'Aosta è "rientrata in scala" anche se mostra ancora un tasso di mortalità decisamente più alto rispetto a tutte le altre Regioni/PPAA:

Confermo la buona notizia sui ricoveri ospedalieri che vi avevo anticipato la scorsa settimana. I posti letto occupati stanno finalmente calando (come dato nazionale) sia nelle terapie intensive che negli altri reparti Covid. Non dobbiamo tuttavia dimenticare che attualmente i reparti sono strapieni ed i cali di questi giorni sono fortemente influenzati dal numero dei decessi (anche questo è ahimé un modo per liberare posti letto). Prima che qualche clinico "di un certo livello" ci annunci che il virus sia nuovamente "clinicamente morto" ci vorranno ancora parecchie settimane. Comunque il fatto che il numero di pazienti ricoverati stia finalmente calando è un'ottima notizia, oltre ad essere la conferma dell'effettivo calo dei nuovi contagi.

Media settimanale della derivata logaritmica del numero di posti letto occupati nei reparti Covid (tutti i reparti). Il dato odierno (media 21-27 novembre) è leggermente negativo (l'occupazione dei posti letto sta calando).

Vediamo questi nuovi contagi (dato nazionale) finalmente in calo:


L'indice R nazionale sta scendendo. Oggi l'Istituto Superiore di Sanità ha comunicato la stima per le due settimane che terminavano lo scorso 18 novembre: 1,08 (CI 95% 0,91 - 1,25). I valori dell'indice comunicati da ISS li vedete nel grafico sottostante, rappresentati tramite i punti rossi:

I valori numerici (ed i punti blu) sono quelli stimati sulla base del mio modellino empirico. La stima per il prossimo 2 dicembre è una proiezione basata su un set di dati parziale. Probabilmente la stima finale sarà un po' più bassa.

Quando vi ho presentato le prime proiezioni basate sul mio modellino non pensavo che funzionasse così bene. Attualmente la differenza tra le mie proiezioni ed i dati ISS è incredibilmente piccola. Siccome il modellino nasconde al suo interno una divergenza quando R diventa molto basso, io spero vivamente che la divergenza si manifesti al più presto. Così io mi libero del modellino empirico e tutti noi ci liberiamo dei troppi contagi.

Quanto ai contagi del Trentino, riprenderò a commentarli quando saranno comunicati quelli veri. Qui mi limito a ricordare che l'incidenza dei ricoverati nei reparti Covid delle RSA rispetto al numero delle persone attualmente positive continua a crescere ed attualmente ha stabilmente superato la soglia del 10%:


Diamo infine una rapida occhiata al dato europeo. La seconda ondata sta passando. Penisola iberica e Francia si stanno lentamente "schiarendo". Le cose vanno piuttosto bene in Irlanda, Scozia, Islanda e buona parte della Scandinavia (Svezia a parte). L'Italia (specialmente al Nord) è allineata con i Paesi europei dove la circolazione del virus è più alta:

Tratto da ECDC





7 commenti:

  1. Prendo spunto dal passaggio "Quanto ai contagi del Trentino, riprenderò a commentarli quando saranno comunicati quelli veri"

    La Voce del Trentino oggi eleva un peana a 2 risultati di cui il Trentino può vantarsi:

    - Il Trentino è al primo posto in Italia come numero di tamponi

    - Il Trentino è al primo posto in Italia come minor numero di contagi

    due istogrammi a barre illustrano le due classifiche...

    “Tante cose che l’Autonomia ha potuto mettere in campo, e che hanno permesso al Trentino di restare in zona gialla. Ciò significa che oggi tante persone hanno potuto spostarsi da un comune all’altro, mentre fossimo stati classificati zona arancione non sarebbe stato possibile” - ha commentato Fugatti.

    https://www.lavocedeltrentino.it/2020/11/29/il-trentino-al-primo-posto-in-italia-come-numero-di-tamponi-e-come-minor-numero-di-contagi-fugatti-necessario-essere-prudenti/

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  2. Volevo segnalare le differenze tra il raggruppamento europeo UE/EEA + UK ( 31 paesi) indicato nel grafico e gli altri 24 paesi europei che sommati ai precedenti vanno a costìtuire il continente Europa secondo la definizione estesa di ECDC. La data del 13 novembre è quella del picco dei contagi a 14 gg per 100.000 abitanti in ambito UE/EEA + UK.
    Al di fuori del raggruppamento UE/EEA + UK ( in totale 24 paesi) siamo invece ancora in fase di crescita.
    In fondo ho indicato la statistica relativa all'insieme dei 55 paesi europei

    data Contagi 14 gg x 100000 ab. Raggruppamenti

    28/11/2020 484,9 UE + EEA + UK ( 31 PAESI)
    13/11/2020 612,0 UE + EEA + UK ( 31 PAESI)
    01/11/2020 496,2 UE + EEA + UK ( 31 PAESI)

    28/11/2020 291,5 EXTRA UE (24 PAESI)
    13/11/2020 225,3 EXTRA UE (24 PAESI)
    01/11/2020 173,5 EXTRA UE (24 PAESI)

    TOTALE EUROPA
    28/11/2020 409,9 EUROPA (55 PAESI)
    13/11/2020 462,0 EUROPA (55 PAESI)
    01/11/2020 371,0 EUROPA (55 PAESI)

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  3. Tamponi e persone testate. Non capisco le informazioni che ci vengono date e forse non solo io: ad es. oggi, in Trentino, si sono analizzati 3695 tamponi testando 519 persone, delle quali 265 trovate come "nuovi positivi". Vuol dire che in media sono stati fatti 7 tamponi per ogni persona in un giorno ? (!!) Oppure vuol dire che, se è sufficiente 1 tampone positivo per trovare un nuovo infetto, allora i restanti 254 infetti già noti si sono sorbiti in media 3430/254 = 13 tamponi a testa in un giorno? (!!). Non capisco. Chiedo lumi alla cortesia e competenza del Prof. Davide Bassi. Grazie.

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    1. Provo una risposta. Le cosiddette "persone testate" sono in realtà "persone testate per la prima volta" e inoltre s'intende che 3695 tamponi significano 3695 persone diverse testate. Perciò ieri sono state tamponate 3176 persone già in malattia, mentre sono stati testati 519 nuovi sconosciuti, possibili infetti e di questi ne sono stati trovati positivi 265. Adesso posso fare raffronti con le altre Regioni.

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    2. Il numero di persone testate è un parametro introdotto a partire dalla fine della prima ondata per distinguere coloro che non avevano mai fatto il tampone molecolare rispetto a coloro che lo avevano fatto già ALMENO una volta.

      In questa seconda categoria ricadono ufficialmente le persone virologicamnete positive (solo se individuate da tampone molecolare) e coloro che ripetono il tampone molecolare con una certa frequenza per motivi professionali. Ad esempio, il personale che opera a stretto contatto con gli ospiti delle RSA viene sottoposto a tampone molecolare con una certa assiduità (attualmente circa una volta alla settimana). Questa operazione di verifica dovrebbe essere fatta sempre quando c'è il rischio che un infetto (eventualmente asintomatico) diffonda il contagio all'interno di strutture dove ci siano persone fragili. Per questo tipo di controlli i tamponi molecolari sono decisamente più efficaci rispetto ai tamponi rapidi antigenici.

      Riassumendo, in momenti di forte circolazione del virus, un gran numero dei tamponi molecolari viene utilizzato per verificare se le persone attualmente positive sono tornate allo stato negativo. Un altro numero elevato di tamponi è utilizzato per controllare le categorie professionali "a rischio".

      L'anomalia trentina nell'individuazione dei nuovi contagi produce una distorsione evidente anche sul numero di persone testate per la prima volta. Coloro che dopo essere risultati positivi al tampone antigenico vengono lasciati fuori dalle statistiche degli attualmente positivi e fanno il tampone molecolare 10-15 giorni dopo per verificare se sono tornate negative, risultano nelle classifiche ufficiali del Trentino come "persone testate per la prima volta", anche se questi tammponi sono del tutto assimilabili ai tamponi fatti per vedere lo stato virologico dei contagiati "ufficiali".

      In conclusione, i numeri ufficiali trentini attualmente sono così sballati da rendere impossibile un confronto sensato con le altre Regioni/PPAA.

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    3. Grazie delle informazioni. Dei già trovati positivi con tampone antigenico, mi sta bene che siano considerati come "positivi per la prima volta" coloro che vengono poi trovati positivi con tampone molecolare e che invece vengano dimenticati del tutto quelli trovati negativi col molecolare, perché così, restando nel campo dei test effettuati mediante tampone "normale", i conti tornano. Infatti, sommando, in pari data, gli attuali positivi con i guariti e con i deceduti e sottraendo il totale degli infetti a quella data( posti tutti a zero il 1° agosto 2020) trovo zero per tutti i 120 giorni dal 2 agosto a ieri, per il Trentino e anche per Italia, Veneto e Lombardia. In realtà ho 5 caselle in tutto che non sono zero, ma potrebbero essere causati da miei errori di trascrizione dei 1920 dati. Controllerò.
      Mi sembra, perciò, che la cosa più sballata della Sanità trentina nella gestione di questa seconda ondata, (non era così nella prima) sia l'enorme fretta nel dichiarare guariti tanti degli infetti: io lo vedo confrontando Trentino e Italia con due grafici temporali del Totale infetti e Totale (morti+guariti), grafico classico con le due curve che partono assieme ad inizio epidemia e si ritrovano assieme alla fine. Queste rapide guarigioni trentine fanno a pugni col grande numero delle terapie intensive trentine, ora al quadruplo di quelle nazionali, per ogni mille attualmente positivi.

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    4. Ricordo, prima di tutto, che le procedure per riconoscere il ritorno allo stato negativo di un infetto sono cambiate nel corso del tempo. Fino a settembre ci volevano due tamponi molecolari negativi fatti in giorni diversi. Questo allungava i tempi a dismisura ed ora si richiede un solo tampone molecolare. Inoltre, specialmente ad inizio estate quando si osservava la coda della prima ondata, c'erano tante persone che apparentemente rimanevano positive per mesi. Si trattava - come discusso a suo tempo - di falsi positivi che avevano nelle mucose solo frammenti del virus e pertanto non erano contagiose.

      Uno studio recente ha dimostrato che i tempi di guarigione (per i sintomatici) possono andare da 10 fino a circa 20 giorni dopo la comparsa dei sintomi. La maggioranza dei sintomatici torna negativa dopo 10 giorni. Nei casi più gravi la positività al virus (vera, non quella falsa legata al perdurare di frammenti) dura fino a tre settimane. Poi naturalmente ci possono essere casi particolari con valori dei tempi di positività estremamente variabili, ma sono rari e non incidono sulle statistiche complessive.

      Per gli asintomatici non abbiamo il riferimento alla data di comparsa dei sintomi e soprattutto se li troviamo nell'ambito di screening (ad esempio, tra il personale sanitario o delle RSA), la probabilità di trovarli durante uno qualsiasi dei giorni in cui sono positivi è esattamente la stessa. Quindi può succedere, ad esempio, che un asintomatico sia trovato positivo oggi e negativo dopo due giorni.

      A tutti questi effetti reali si sommano i possibili ritardi di natura organizzativa e burocratica. Talvolta i tamponi molecolari sono fatti oggi ed il risultato è comunicato dopo 5 giorni. Se facciamo risalire la data della guarigione alla data di somministrazione del tampone i giorni di positività si riducono. Se invece consideriamo la data di comunicazione dei risultati aggiungiamo ai dati ufficiali un certo numero di giorni di positività che in realtà non ci sono.

      Come si vede una questione abbastanza aggrovigliata da cui è difficile uscire sulla base di soli dati ufficiali di cui disponiamo.

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