martedì 23 febbraio 2021

Con la variante inglese cambia tutto, non solo la contagiosità

Ormai è praticamente certo che la variante inglese (identificata come variante B.1.1.7 del virus SARS-CoV-2) sta diventando la variante dominante anche in Italia. Il nuovo ceppo virale è caratterizzato da una elevata contagiosità e questo potrebbe produrre una nuova crescita dei contagi. Ma oltre a produrre maggiori contagi, il nuovo ceppo virale ha caratteristiche tali da azzerare molte delle certezze fin qui acquisite a proposito del virus SARS-CoV-2.

Uno studio recente realizzato da un gruppo di ricerca dell'Università di Harvard  ha messo in evidenza che il ceppo virale B.1.1.7 potrebbe rimanere presente nelle mucose delle persone contagiate per un tempo quasi doppio rispetto alle precedenti varianti virali. Questo estende il tempo durante il quale le persone virologicamente positive possono essere contagiose e rende obsolete le attuali norme sui tempi di quarantena. In particolare il limite di 10 giorni attualmente utilizzato per alcune categorie di persone sembra essere decisamente troppo breve. Potrebbe essere inappropriato anche il limite dei 21 giorni come massimo tempo di quarantena oltre il quale, in assenza di sintomi, si presume che non ci sia più possibilità di contagio, senza la necessità di avere un tampone negativo.

Un ultimo commento riguarda il metodo utilizzato dall'Istituto Superiore di Sanità (ISS) per la stima dell'indice di trasmissione del contagio Rt. Il metodo fa uso di una funzione di distribuzione della probabilità di contagio ωs che descrive come cambia nel tempo la probabilità che una persona contagiata ne contagi un'altra. Nelle stime fatte da ISS la funzione ωs utilizzata deriva da una stima fatta sulla base dell'andamento dei contagi durante della fase iniziale della pandemia in Lombardia, un anno fa. 

Nelle prossime settimane, quando i dati dei contagi analizzati da ISS saranno essenzialmente dominati dal contributo della variante inglese, la funzione ωs dovrà essere modificata per tener conto delle caratteristiche del ceppo virale B.1.1.7.

9 commenti:

  1. rainews.it/tgr/trento - martedì 23 febbraio 2021

    Il direttore sanitario dell'Azienda Sanitaria delll'Alto Adige Pierpaolo Bertoli ha confermato che i nuovi 4 casi di variante "sudafricana" sono da far risalire a contatti stretti con i casi accertati in precedenza, per cui per il momento si è riusciti a circoscrivere il contagio ai comuni del Burgraviato che sono stati già isolati lunedì (Merano, Rifiano, Moso in Passiria e San Pancrazio) e che da domani - mercoledì - verranno isolati (Lana, Malles e i restanti tre comuni della Val Passiria).

    Per questi Comuni per poter entrare e uscire dal territorio comunale è previsto l'obbligo di esibire un tampone negativo PCR o antigenico non più vecchio di TRE GIORNI.

    Al momento sono 16 i casi confermati di variante sudafricana in Alto Adige. Circolano anche altre varianti: "inglese" (96 casi) e "spagnola" (163 casi).

    (NdC) Dunque in Alto Adige - grazie ai sequenziamenti - sono state trovate 16 + 96 + 163 = 275

    E in Trentino? Siamo ancora fermi a quota 2 (due)? Davvero?

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  2. Nordest, il nuovo “R*t” di Battiston prevede luci e ombre
    Angela Pederiva - ilgazzettino.it - mercoledì 24 febbraio 2021

    Ormai da un anno la nostra quotidianità è scandita dall'indice di contagio: all'inizio dell'emergenza era R0 (R con zero), con il passare del tempo e con l'attuazione delle restrizioni è diventato Rt (R con ti): è il numero che dice quante persone mediamente possono essere contagiate da un individuo infetto, per cui se è pari a 2, significa che ciascun positivo può trasmettere il virus a un paio di soggetti. Il calcolo settimanale viene effettuato in ogni regione sui casi sintomatici, per data di inizio dei sintomi, di conseguenza risulta in ritardo di 7 giorni rispetto alla conta quotidiana delle infezioni, come emerge ogni venerdì dal verdetto di Ministero della Salute e Istituto Superiore di Sanità.

    Siccome però le varianti incalzano e le vaccinazioni arrancano, spunta un metodo semplificato per misurare l'andamento dell'epidemia, con l'obiettivo di stilare previsioni a una settimana e consentire l'adozione di misure ritagliate sulle province: si chiama R*t (R star con ti) ed è il frutto di un accordo tra l'Agenzia nazionale per i servizi sanitari regionali e il dipartimento di Fisica dell'Università di Trento, questo modello che dipinge luci e ombre nella situazione prossima ventura del Nordest.

    Agenas è guidata da Domenico Mantoan, ex direttore generale della Sanità in Veneto, mentre il coordinatore dell'Osservatorio dati epidemiologici dell'Ateneo trentino è il fisico sperimentale Roberto Battiston, già presidente dell'Agenzia spaziale italiana. Da mesi l'esperto, nella sua attività divulgativa, sottolinea la necessità di passare dagli algoritmi basati sulla regressione statistica, in cui l'andamento dei nuovi casi osservati nel tempo viene derivato dai dati dei giorni precedenti, ai modelli epidemiologici, nei quali vengono messe in relazione tra loro le variabili notate.

    Battiston ha proposto di considerare TRE VARIABILI, ricomprese nello schema “s.i.r.”, acronimo di Suscettibili (la parte di popolazione predisposta a contrarre l'infezione), Infetti (la quota che è stata colpita dal virus e e può trasmetterlo) e Rimossi (la porzione che, essersi contagiata, è guarita o è deceduta).

    È stato così messo a punto un sistema di equazioni differenziali non lineari, che combina parametri come il numero degli infetti attivi, i cittadini ancora sani, la popolazione totale, la probabilità di trasmettere l'infezione, il numero di contatti nell'unità di tempo e il tasso di uscita espresso in giorni. Lasciando ai matematici lo svolgimento dei calcoli, apprendiamo i risultati dal sito di Agenas, che - partendo dai numeri del contagio diffusi quotidianamente dalla Protezione civile - vuole mettere a disposizione dei governi locali le previsioni settimanali sull'andamento degli infetti attivi. Nei prossimi 7 giorni:

    > calo del 12% in Veneto
    > calo del 5% in Friuli Venezia Giulia
    > aumento del 22% in Trentino
    > aumento del 4% in Alto Adige

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  3. Alto Adige, la variante “sudafricana” ora fa paura «Se si estende, lockdown più rigido»
    Francesca Gonzato - altoadige.it - 21 febbraio 2021

    Tutto l’Alto Adige è ora sotto stretta osservazione: misure più rigide nel Burgraviato e Passiria (spostamenti tra Comuni solo con tampone negativo), forse prolungare l’attuale lockdown. Nel frattempo sono saliti i casi accertati di variante inglese, ma tutte le energie di ASL e Giunta sono concentrate sull’arginare la variante SUDAFRICANA, per due motivi.

    Primo, come nel resto d’Italia, si stima che la variante inglese (più contagiosa del 50% e oltre) sia ormai assai diffusa in Alto Adige, almeno nel 17% dei casi.

    Secondo motivo, la variante “sudafricana” è più temuta perché i vaccini garantirebbero una protezione minore su tale variante. «Stiamo facendo di tutto per rintracciare i contatti dei pazienti. La scommessa è limitare il più possibile la diffusione della variante sudafricana», riferisce il direttore generale della ASL Florian Zerzer. I contatti ricostruiti riguardano colleghi di lavoro. La variante è in circolazione da almeno 2 settimane, quando sono stati effettuati i tamponi sui primi pazienti».

    «Stiamo facendo enormi sforzi per il tracciamento, tra cui grandi quantità di tamponi», risponde Zerzer. il fattore tempo conta più che mai. Zerzer lo dice con forza: «Bisogna stare a casa, uscire solo per motivi di necessità e lavoro, evitare ogni rischio di contagio. Dobbiamo impedire che le varianti si diffondano ulteriormente».

    NB: Viola Rita – wired.it - 19 febbraio 2021 >> La variante “sudafricana” del Coronavirus potrebbe ridurre molto la protezione degli anticorpi nel vaccino Pfizer-BioNTech. La neutralizzazione degli anticorpi specifici potrebbe essere RIDOTTA DI DUE TERZI.

    Ma anche il vaccino di Oxford-AstraZeneca potrebbe fornire MINORE PROTEZIONE. Di Moderna non abbiamo ancora informazioni, anche se ha una struttura simile a quella di Pfizer-BioNTech

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  4. Una domanda relativa al tema della distribuzione ws.
    E’ giusto dire che essendo probabilmente superata la ws resa disponibile in base ai dati di circa un anno fa il valore di Rt stimato ad oggi potrebbe essere sottostimato?

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    1. Che sia sottostimato non lo possiamo dire: dipende dall'andamento dei contagi. Se i contagi sono stabili, cambia poco. Mi aspetto che l'effetto sulla stima sia tanto più grande quanto più Rt si allontana dal valore unitario.

      Per le vecchie varianti, i contagi misurati ad un certo giorno dipendevano dai contagi avvenuti (molto) grossolanamente tra 3 e 7 giorni prima. Adesso bisognerà valutare i contagi avvenuti in un intervallo di tempo più ampio (circa 10 giorni).

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    2. Mi pare di capire che l’effetto della variante per dirla con un semplice esempio è questo.
      Se prima con la versione base del virus avevo 100 soggetti positivi al tampone che erano contagiosi per 5 gg cadauno, ora con una variante che mantiene la contagiosità del singolo individuo per 10 gg è come se avessi nella popolazione 200 soggetti contagiati da versione base.
      Pertanto la variante, nell’ipotesi che sostituisca rapidamente al 100% la versione base, ha nella sostanza l’effetto di raddoppiare di fatto i soggetti “attualmente positivi” di vecchia generazione e conseguentemente di provocare un andamento esponenziale dei contagi.
      Mi corregga se sbaglio.

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    3. Non è detto che l'effetto sia proprio esponenziale, ma certamente il fatto che le persone rimangano contagiose per più tempo non aiuta. Soprattutto se non si adeguano rapidamente le normative (tempi di quarantena) alle nuove caratteristiche del virus.

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  5. I sindacati alla Provincia: potenziare il tracciamento e la ricerca delle varianti
    ladige.it - mercoledì 24 febbraio 2021

    "Nelle ultime dichiarazioni del direttore sanitario di APSS, il dottor Antonio Ferro, traspare il rischio di una sotto-valutazione della situazione attuale nell'evoluzione della pandemia. Negli ultimi giorni i dati dei contagi e delle ospedalizzazioni stanno peggiorando costantemente e non si può quindi dire semplicemente che NON SI PUO' PREVEDERE COSA ACCADRA' ".

    Lo affermano, in una nota congiunta, i segretari generali di Cgil, Cisl e Uil del Trentino, Andrea Grosselli, Michele Bezzi e Walter Alotti. "L'attenzione va mantenuta altissima, anche in considerazione della diffusione delle varianti anche sul nostro territorio.

    Serve quindi aumentare il perimetro del tracciamento dei casi positivi e il loro sequenziamento alla ricerca delle varianti, potenziando il numero di tamponi molecolari, che oggi sono arrivati ad un livello minimo", concludono i segretari, chiedendo di applicare alla lettera il consiglio del presidente dell'AIFA Giorgio Palù in merito a sorveglianza e misure di contenimento.

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  6. Campania, stop ai dati sulla variante inglese forniti alle ASL: la “strana” scelta della Regione Campania
    Michele Ippolito - fanpage.it - 27 Febbraio 2021

    Nelle ore in cui il governatore Vincenzo De Luca decideva la chiusura di tutte le scuole di ogni ordine e grado per l’eccessiva infettività delle varianti del Covid-19, l’Unità di Crisi, tramite i laboratori autorizzati, comunicava alle Asl che non avrebbero più ricevuto informazioni sui positivi alle stesse varianti.

    L’Unità di Crisi della Regione Campania ha comunicato ai laboratori accreditati che esaminano i tamponi per conto delle Asl di non rendere più note le positività a specifiche varianti del Covid-19. La decisione giunge, A SORPRESA, proprio nelle stesse ore in cui il governatore Vincenzo De Luca decide di chiudere le scuole su tutto il territorio campano proprio per la particolare infettività della variante inglese.

    La notizia è stata comunicata ufficialmente ai distretti sanitari delle diverse ASL. “Fino a nuova disposizione dell’Unità di Crisi Regione Campania gli esiti dei tamponi NON RIPORTERANNO PIU’ l’indicazione delle positività a varianti (Positivo con S dropout)” è scritto in una nota che l’Istituto Sperimentale Zooprofilattico del Mezzogiorno di Portici (Napoli) ha trasmesso ai diversi Dipartimenti per la prevenzione collettiva. Le prossime comunicazioni riporteranno solo dizioni SEMPLIFICATE: ogni tampone elaborato, infatti, sarà individuato esclusivamente come “positivo”, “negativo” o “inadeguato da ripetere”.

    La decisione ha destato PERPLESSITA’ nei medici dei distretti sanitari che l’hanno letta. Infatti, secondo le informazioni fornite da ISS, la cosiddetta ‘variante inglese’ ha una trasmissibilità superiore del 37% rispetto ai ceppi non varianti. Secondo i primi studi, per non ammalarsi è necessario mantenere una distanza interpersonale più ampia del solito e la variante colpirebbe in percentuali più alte bambini e ragazzi. Inoltre, i tempi di durata dell’infezione sarebbero più lunghi.

    In pratica, per contrastare la variante “inglese”, ma anche le altre varianti, i medici sui territori avrebbero bisogno di avere dati più chiari sull’incidenza nelle città e non dati più opachi. Proprio il contrario di quello che ha deciso la Regione Campania.

    Il motivo della decisione sarebbe da ricercarsi nell'obbligo di tracciare i contatti DEGLI ULTIMI 14 GIORNI dei positivi alla variante inglese del Covid-19 e non solo degli ultimi 2 giorni, come invece previsto per il ceppo principale. E' chiaro che mettere in isolamento i contatti delle ultime due settimane rappresenta un lavoro abnorme per le autorità sanitarie, che già hanno grosse difficoltà ad eseguire correttamente i tracciamenti.

    In questo modo, dai nuovi tamponi dei positivi per la variante inglese, questa indicazione, precedentemente resa nota, magicamente scompare. Variante inglese, dunque, cancellata con un colpo di spugna della burocrazia e non per motivi strettamente sanitari.

    (NdC) Come per una serie-tv, "ti prego, non dirmi come va a finire...", "grazie, preferisco non saperlo, a posto così"...

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