venerdì 26 febbraio 2021

L’indice Rt del Trentino e dell’Alto Adige a confronto

Oggi l’Istituto Superiore di Sanità (ISS) ha reso note le sue stime per l’indice di trasmissione del contagio Rt puntuale, valutato a livello regionale, nella settimana che andava dall’8 al 14 febbraio. Il dato è stato convenzionalmente attribuito al giorno 10 febbraio. Il forte ritardo nella comunicazione delle stime deriva dal fatto che, per ridurre al minimo i problemi legati alle fluttuazioni dei tempi di esecuzione del tampone e di esecuzione dei dati, l’ISS considera solo i casi sintomatici, raggruppando i nuovi contagi in base alla data di comparsa dei sintomi.

La scelta dell’ISS è senz’altro utile per “ripulire i dati” da una serie di effetti spuri, ma comporta tempi tecnici di raccolta e di elaborazione dei dati molto lunghi. In situazioni come quella attuale, quando l’andamento dei contagi incomincia a manifestare una forte dinamica di crescita, aspettare più di due settimane per stimare il valore dell’indice Rt non ha molto senso. Il rischio è quello di prendere decisioni tardive, esattamente l’opposto di quello che bisognerebbe fare nelle fasi di recrudescenza della pandemia.

Un altro aspetto che ho già discusso in precedenti post riguarda la “vulnerabilità” dell’indice Rt stimato sulla base dei soli casi sintomatici, rispetto all’uso “malizioso” della classificazione dei casi sintomatici che le Regioni/PPAA potrebbero facilmente utilizzare per manipolare la stima. A fronte di una percentuale di circa il 50% di casi asintomatici misurata a livello nazionale, si osservano fortissime differenze a livello regionale che sollevano forti dubbi sulla consistenza dei dati di talune Regioni/PPAA.

Per cercare di capire cosa stia effettivamente accadendo, può essere utile adottare stime dell’indice Rt certamente più grossolane, ma che consentano di ridurre ritardi e manipolazioni. Tra i diversi modelli proposti, il mio modellino empirico è senz'altro quello più rozzo. L’indice di trasmissione puntuale valutato al giorno g è espresso come media settimanale secondo la formula:

Rt(g) = 1 + Media {[C(t)/C(t - 7) -1]*2/3};  con t = g - 2, …, g + 4

Per valutare la stima si parte dal rapporto dei nuovi contagi C(t) registrati al giorno t, dividendolo per i contagi registrati una settimana prima C(t - 7). Il fattore 2/3 che appare nella formula, deriva da una brutale approssimazione: ricordando che l'indice Rt esprime il numero medio di nuovi contagi che ciascun contagiato produce durante il decorso della malattia, il parametro equivale a dire che ciascun contagiato produrrà mediamente Rt nuovi contagiati dopo 2/3 di una settimana, ovvero poco meno di 5 giorni. Per una valutazione più accurata bisognerebbe considerare la distribuzione temporale della probabilità dei contagi che, ovviamente, non avvengono tutti in un sol giorno.

Potremmo chiederci se invece di considerare il rapporto C(t)/C(t – 7) non sarebbe meglio considerare direttamente quello C(t)/C(t – 5), eliminando il fattore 2/3 dalla formula. La motivazione va ricercata nelle ampie fluttuazioni con andamento settimanale che si registrano nella raccolta dei dati dei contagi. Il ben noto minimo del lunedì corrispondente allo scarso numero di tamponi che si fanno la domenica (in pratica, solo le urgenze). Calcolando il rapporto a 7 giorni si smorzano gli effetti di natura sistematica. Non a caso il mio modellino empirico tende a fornire stime meno affidabili quando ci sono festività infrasettimanali.

Vediamo ora un esempio di applicazione del mio modellino empirico a Trentino ed Alto Adige. I risultati sono riassunti nei grafici seguenti:

Confronto tra le stime ISS (punti rossi) ed il mio modellino empirico (punti blu) per il Trentino (grafico superiore) e l'Alto Adige (grafico inferiore). La mia stima per la settimana corrente è ancora preliminare ed è mostrata tra parentesi ( )

Notate che la mia stima per il 24 febbraio (punti blu compresi tra parentesi) è solo una proiezione e deve intendersi come provvisoria. Infatti la media deve ancora includere il dato dei nuovi contagi che saranno comunicati nei giorni 27 e 28 febbraio. Ovviamente domenica 28 febbraio la stima sarà definitiva, mentre la stima ISS arriverà solo il prossimo 12 marzo.

Pur con tutte le incertezze legate alla grossolanità del modello, la mia stima per la settimana corrente fotografa una situazione piuttosto critica per il Trentino, mentre per l'Alto Adige si conferma la tendenza al calo dei contagi. L'andamento è ben visibile osservando direttamente la curva dei contagi:

Confronto dei nuovi contagi in Trentino ed in Alto Adige

La situazione del Trentino ricorda quella dell'Alto Adige poco più di un mese fa. Inoltre non dobbiamo dimenticare che durante le ultime settimane il Trentino ha somministrato un numero di tamponi sensibilmente inferiore rispetto a quello dell'Alto Adige:

Tamponi settimanali per ogni 100.000 abitanti. Elaborato su dati della Protezione Civile Nazionale

Anche il dato dell'occupazione delle terapie intensive conferma che, nel corso dell'ultima settimana, il Trentino ha mostrato una preoccupante accelerazione della pandemia:


Occupazione dei posti di terapia intensiva nei reparti Covid degli ospedali  del Trentino. Nel corso degli ultimi giorni (vedi freccia rossa) si nota una significativa ripresa dei ricoveri. Tratto da covid19trentino.fbk.eu

6 commenti:

  1. Scende l’Rt in Trentino - Continuano spedite le vaccinazioni - I guariti diventano 28.618
    lavocedeltrentino.it - sabato 27 febbraio 2021

    Con OLTRE 4mila tamponi analizzati sono 341 i nuovi casi positivi al SAR-CoV-2 in Trentino. Il dato si ricava dal bollettino odierno di APSS che specifica come 152 siano i nuovi positivi al molecolare, mentre quelli all’antigenico sono 189. I molecolari hanno inoltre confermato 93 positività intercettate nei giorni scorsi dai test rapidi.

    Dei nuovi positivi, gli asintomatici sono 153 mentre i pauci-sintomatici sono 182. Fra i più giovani si registrano oggi 68 nuovi casi (6 casi tra 0-2 anni, 11 tra 3-5 anni, 24 tra 6-10 anni, 8 tra 11-13 anni, 19 tra 14-19 anni) mentre fra gli over-70 si registrano altre 49 infezioni.

    Abbastanza BILANCIATO il rapporto fra nuovi ingressi e dimissioni dagli ospedali (17 dimissioni contro i 18 nuovi ricoveri di ieri): al momento i pazienti Covid ospitati in vari reparti sono 211, compresi 38 situazioni più critiche seguite dalle terapie intensive.

    SALE IL NUMERO dei tamponi effettuati dall’inizio della pandemia: i molecolari sono ormai arrivati a 551.655 con i 1.889 analizzati ieri (dal Laboratorio di Microbiologia dell’Ospedale Santa Chiara di Trento e dalla FEM di San Michele all’Adige). All’Azienda Sanitaria inoltre ieri sono stati notificati 2.122 rapidi antigenici.

    Continuano SPEDITE le vaccinazioni: stamani risultavano somministrate 42.737 dosi, compresi i 15.256 richiami e le 7.041 dosi riservate ad ospiti di residenze per anziani.

    (NdC) Mi sembrano toni leggermente trionfalistici:
    - i tamponi sono processati per gran parte dalla Farmacie (53% del totale)….
    - sono stabilmente sotto i 2mila al giorno i tamponi molecolari eseguiti da APSS...
    - i casi under-19 superano di parecchio i casi over-70 (dottor Benetollo, niente da dire?)...
    - i nuovi ricoveri sono tanti quante le dimissioni dagli ospedali...
    - le 42mila dosi della campagna di vaccinazione (iniziata in pompa magna domenica 27 dicembre), dopo 60 giorni, corrispondono a 700 dosi giornaliere di media; molte di queste dosi sono state somministrate a “personale non sanitario”; dal 1 febbraio scorso 10mila persone over-80 hanno ricevuto la prima dose e aspettano a breve il richiamo, mentre 20mila persone over-80 SONO PRENOTATE / IN ATTESA per la prima dose di Pfizer o Moderna.

    Certo, fino a martedì sera la domanda principale (“trend topic”) sembra essere: “Sanremo, riuscirà Amadeus a superare Baglioni?”

    Amadeus ha debuttato al festival della canzone italiana 2020 con il 52,2% di share: è stato il secondo risultato degli ultimi 13 anni. Il record di Baglioni del 2018 (52,5%) era difficile da battere, ma Amadeus alla prima serata 2020 è arrivato vicinissimo al risultato del cantante. Sicuramente ha superato il Baglioni dell’ultimo anno, il 2019, che si era fermato al 49,5%.

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  2. Coronavirus, Alto Adige e Trentino strategie a confronto: a febbraio 268 mila tamponi in Alto Adige contro 80 mila in Trentino
    Luca Pianesi – ildolomiti.it - 1 marzo 2021

    Gestioni della pandemia a confronto: dal lato alto-atesino 268.039 tamponi eseguiti, una curva del contagio in calo costante, un rapporto positivi/test che nell'ultima settimana ha raggiunto al massimo il 3%, l'Rt sceso sotto l'1 e oltre 630 casi di varianti accertate dopo azioni politiche dure e impopolari, come lockdown e zone rosse auto-istituite. Dal lato trentino, invece, 79.880 tamponi eseguiti, una curva del contagio in crescita costante, un rapporto positivi/test nell'ultima settimana sul 9%, un Rt ancora sopra l'1; infine solo 4 casi di variante “inglese” accertati.

    Il febbraio di Alto Adige e Trentino per quanto riguarda la gestione della pandemia ha messo in evidenza percorsi diametralmente opposti intrapresi dai due territori. Sono tantissimi i tamponi eseguiti nel mese di febbraio in Alto Adige per cercare più positivi possibile: addirittura 268.039 in 28 giorni.

    Il Trentino ha deciso di adottare una strategia diversa segnata da pochissimi tamponi: meno di un terzo di quelli fatti a Bolzano, in tutto 79.880 per la precisione e un tasso di positività che è passato da essere al 7,4% il primo di febbraio al 12% il 28 febbraio.

    Fugatti lo ha spiegato spesso che questa è LA STRATEGIA TRENTINA: andare a fare i tamponi antigenici in maniera "chirurgica" su chi ha sintomi, così da intercettare i positivi in questo modo e sarebbe per questo che a fronte di pochissimi tamponi, rispetto all'Alto Adige, i positivi trovati sono quotidianamente di più dei cugini di Bolzano.

    Ed era esattamente il motivo per il quale a novembre e dicembre i dati trentini del contagio erano incredibilmente più bassi di praticamente tutti i territori italiani: perché i positivi si trovavano con questa tecnica che fino a gennaio non è stata ricompresa nei conteggi ufficiali nazionali.

    Un’altra grande differenza tra il Trentino e l'Alto Adige in questo momento sembra riguardare le varianti. L'Alto Adige le sta cercando in maniera ostinata andando ad isolare i territori dove viene trovata la “sudafricana”. A fronte di migliaia di tamponi fatti analizzare, sono ben 630 i casi di mutazioni comunicate alla comunità: a sabato erano 31 i casi trovati di “sudafricana” (e una dozzina i Comuni ''blindati'' in entrata e uscita) con tanto di lista, Comune per Comune, dove sono stati trovati, 220 i casi di variante “spagnola” (la più diffusa in Italia sin da giugno scorso), 200 di “inglese”, 89 altre varianti e 90 della “ceca”.

    In Trentino i casi di varianti trovati e comunicati alla cittadinanza sono 4, tutti di variante “inglese”, dei quali 2 in Val di Fiemme (ma non è ben specificato dove) e 2 ancora non si sa in che zona del Trentino.

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  3. Inoltre non dobbiamo dimenticare che durante le ultime settimane il Trentino ha somministrato un numero di tamponi sensibilmente inferiore rispetto a quello dell'Alto Adige:

    A riguardo, colpisce il grafico "tampon.png" nell'articolo:

    https://www.ildolomiti.it/cronaca/2021/coronavirus-alto-adige-e-trentino-strategie-a-confronto-a-febbraio-268-mila-tamponi-contro-80-mila-e-tasso-di-positivita-che-viaggia-a-senso-inverso

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    1. Sono giornate di lavoro intenso per il Consiglio Provinciale di Trentino che ieri si è riunito a distanza nella seconda giornata dedicata al Coronavirus. L’assessore Stefania Segnana ha segnalato che si stanno diffondendo in Italia e anche nelle regioni del Nordest le varianti “inglese” e “sudafricana” del Covid.

      Riguardo al calo dei tamponi, ha comunicato l’assessore Segnana, LA SOSPENSIONE DEI TAMPONI MOLECOLARI ogni 7 giorni eseguiti tra tutto il personale sanitario ha comportato una riduzione del numero dei test molecolari.

      Presto si sottoporranno a tampone molecolare gli alunni delle classi in quarantena delle scuole nelle quali il test si riterrà necessario.

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  4. Covid, in Alto Adige test permanenti nelle scuole elementari contro le chiusure, 2 tamponi "fai-da-te" alla settimana
    altoadige.it - 01 marzo 2021

    L'Alto Adige intraprende la strada dei test permanenti nelle scuole elementari per scongiurare una nuova chiusura e - in un secondo momento - per tentare la riapertura delle scuole medie e superiori. Iniziano infatti giovedì i tamponi “fai da te” nelle elementari.

    Tutti i 27.500 alunni saranno testati due volte alla settimana. La giunta provinciale domani (2 marzo) si occuperà della questione. Nei giorni scorsi l'Azienda sanitaria dell'Alto Adige aveva annunciato l'acquisto di test Covid per bambini per 22,5 milioni di euro. Ora il progetto decolla, questa settimana con alcune migliaia di alunni, dalla prossima settimana i test dovrebbero già interessare TUTTI I 27.500 BAMBINI che frequentano le elementari in Alto Adige.

    Bolzano segue così l'esempio dell'Austria, dove i test sono obbligatori per chi segue le lezioni in presenza. Chi non aderisce resta in DAD. Ogni lunedì e mercoledì i bambini effettuano il tampone direttamente in classe. La percentuale dei test positivi è - come evidenzia la stampa austriaca - molto bassa, ovvero circa 1 su mille.

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  5. Coronavirus, l’ultimo caso Lombardia: “In zona gialla una settimana più del dovuto, i dati non erano ancora consolidati” afferma Vittorio Nicoletta
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    Luigi Franco – ilfattoquotidiano.it - 4 Marzo 2021

    Mentre la Lombardia si prepara a passare dall’arancione all’arancione scuro, scoppia un nuovo caso sui dati che ogni settimana Regione Lombardia trasmette a ISS. Dati utilizzati per il calcolo dei parametri su cui si basa la classificazione a colori, che ancora una volta potrebbero essere stati VIZIATI da gravi imprecisioni. Tanto che la Lombardia potrebbe essere rimasta troppo a lungo in giallo, fascia da cui è uscita solo lunedì scorso, e questo avrebbe contribuito all’aggravarsi dei contagi registrato negli ultimi giorni.

    Secondo Vittorio Nicoletta, dottorando di Analisi dei dati e statistica all’università Laval del Quebec in Canada, la Regione è rimasta in giallo almeno una settimana in più del dovuto: avrebbe dovuto finire in zona arancione non dall’1 marzo, ma già dal 22 febbraio, UNA SETTIMANA PRIMA.

    L’analisi e i grafici di Vittorio Nicoletta si basano sui dati che la stessa Regione ha reso open source dopo lo scontro col governo sugli errori che a gennaio avevano causato la classificazione in zona rossa anziché arancione. Il dottorando ha calcolato - CON LO STESSO ALGORITMO utilizzato dall’ISS - l’Rt delle scorse settimane in base ai dati disponibili il 3 marzo: l’Rt del 3 febbraio (preso in considerazione nel report dell’ISS aggiornato al 17 febbraio) risulta così pari a 1,07, anziché 0,95, valore del report calcolato coi dati disponibili 2 settimane fa, valore che ha consentito alla Lombardia di rimanere in giallo il 22 febbraio.

    Cosa è cambiato nel frattempo? “Che i dati sono stati consolidati – spiega Vittorio Nicoletta –. È normale che i dati riferiti alle settimane passate diventino più precisi man mano che passano i giorni. E infatti la Fondazione Bruno Kessler che calcola l’Rt per l’ISS ritiene che ci vogliano 2 settimane perché i dati necessari al calcolo dell’Rt si stabilizzino. Per questo l’Rt è sempre calcolato con 2 settimane di ritardo”.

    Ma Nicoletta ha notato che DOPO 2 SETTIMANE i dati della Lombardia non sono ancora consolidati: e così calcolando a 4 settimane di distanza l’Rt del 3 febbraio, si scopre che questo è stato sottostimato. “Regione Lombardia è particolarmente lenta a raccogliere con precisione i dati”. L’osservazione di Nicoletta trova riscontro nello stesso report dell’ISS, dove alla Lombardia, rispetto alle altre regioni, viene attribuito il più basso valore per uno degli “indicatori di processo sulla capacità di monitoraggio”, l’indicatore “1.1 settimana di riferimento”: per la Lombardia è pari a 75,3%: questo significa che solo il 75,3% dei casi sintomatici notificati dalla Regione all’ISS è stato notificato, indicando anche la data inizio sintomi.

    In 1 caso su 4, dunque, la Regione non ha comunicato la data di inizio sintomi, rendendo tale caso sintomatico da scartare per il calcolo dell’Rt (una specie di “parcheggio”). Questo parametro viene infatti calcolato per definizione considerando i casi sintomatici di cui si conosce la data di inizio sintomi. Informazione che in molti casi la Regione è riuscita a recuperare, pubblicandola solo in un secondo momento.

    Da qui LA DISCREPANZA tra l’Rt del 3 febbraio calcolato coi dati disponibili il 3 marzo e quello calcolato coi dati disponibili il 17 febbraio. Problema denunciato anche da Lorenzo Ruffino e Fabio Riccardo Colombo.

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