lunedì 25 gennaio 2021

Varianti virali: se non le cerchi non le trovi ed altre occasioni perdute

 

Immagine tratta da "Il Tirreno"

Lo struzzo con la testa nella sabbia rappresenta perfettamente l'atteggiamento dell'Italia di fronte al problema della possibile circolazione di nuovi ceppi del virus SARS-CoV-2.

Il primo sequenziamento fatto in Italia fu annunciato dal Ministero della Salute come una scoperta da premio Nobel. In realtà fu il risultato di una misura di laboratorio che richiede le giuste attrezzature e competenze altamente qualificate, ma che oggi possiamo definire di routine. Nei mesi successivi, nessuno si è preoccupato di mettere in piedi un sistema di sorveglianza adeguato, in grado di fornirci risultati statisticamente attendibili su ciò che sta accadendo a livello nazionale. Le diverse Regioni/PPAA si sono organizzate come meglio credevano, ma non mi risulta che esistano "buone pratiche" da raccomandare. Ci sono state numerose iniziative portate avanti a livello sostanzialmente individuale, ma sono mancati sia il coordinamento che i finanziamenti necessari per sviluppare un programma adeguatamente dimensionato.

Oggi l'Adige riporta una interessante intervista al dott. Claudio Donati, responsabile del laboratorio che si occupa di sequenziamento genomico presso la Fondazione Edmund Mach. Le parole del dott. Donati ci fanno capire quale sia la situazione del sequenziamento virale in Trentino:

"Nel periodo in cui noi abbiamo fatto 190 sequenze, in Inghilterra ne hanno fatte 100 mila ed è per questo che lì trovano le varianti molto più che da noi"

Apprendiamo così che durante tutto il decorso della pandemia (da marzo 2020 ad oggi), in Trentino sono stati fatti solo 190 sequenziamenti a fronte di un numero di contagi (veri) che supera probabilmente i 35.000 casi. Attualmente in Inghilterra si fanno tra 5.000 e 10.000 sequenziamenti virali alla settimana. Pur tenendo conto dei due ordini di grandezza di differenza esistenti in termini di popolazione tra Trentino ed Inghilterra, i casi sequenziati in Trentino sono troppo pochi per capire cosa succede. Considerando realtà più vicine a noi, il Tirolo (meno di un milione di abitanti) del corso delle ultime settimane ha sequenziato 1.000 campioni virali allo scopo di monitorare l'eventuale arrivo della variante sudafricana.  

Se la variante inglese od altri ceppi virali particolarmente contagiosi dovessero arrivare anche in Trentino lo sapremo soltanto dopo che saranno diventati dominanti rispetto al vecchio ceppo virale. Sarà comunque troppo tardi per prendere provvedimenti adeguati.

Che dire? L'atteggiamento del Trentino rispetto al problema del sequenziamento mi sembra coerente con l'approccio fin qui seguito: minimizzare, "cercare di leggere tra le pieghe" dei decreti per eludere le norme, sperando che prima o poi la pandemia passi. Il tutto senza cercare di valorizzare il grande patrimonio di competenze scientifiche di cui il Trentino dispone.

Se avessimo avuto politici più lungimiranti e responsabili tecnici più capaci, avremmo potuto usare il Trentino come una sorta di "palestra di qualità per il contrasto della pandemia" dove sviluppare e sperimentare approcci che sarebbero stati apprezzati anche oltre la semplice dimensione nazionale. 

Penso non solo al mancato potenziamento del sistema di sequenziamento virale, ma anche alla occasione mancata legata al possibile utilizzo delle tecniche di "big data" ed intelligenza artificiale che sarebbero state preziose per  implementare tecnologie di tracciamento dei contagi molto più efficaci rispetto alle metodologie da "call center" che sono state fin qui impiegate.

Per affrontare la pandemia, il Trentino avrebbe dovuto "chiamare alle armi" il meglio delle competenze scientifiche di cui dispone e che sono cresciute, nel corso degli anni, anche grazie alle tasse pagate dai cittadini trentini. Insomma, una occasione mancata ed un enorme spreco di risorse finanziarie ed intellettuali.


4 commenti:

  1. Buongiorno Professore. Ringraziandola e complimentandomi per il suo importante contributo alla conoscenza e informazione in tema di pandemia le giro queste ulteriori informazioni che si ricavano dalla risposta della giunta provinciale alla risoluzione n.28. Cordialità.

    In attuazione della risoluzione n.28 la giunta provinciale ha fornito i seguenti dati, conteggiati al 14 gennaio 2021.
    Tamponi molecolari effettuati n. 477. 138 .
    Tamponi rapidi effettuati n. 57.561 (conteggiati dal 4 dicembre 2020 al 14 gennaio 2021).
    La somma dei tamponi (molecolari e rapidi), effettuati al 14 gennaio e fornita in risposta alla risoluzione, è quindi di 534.699.
    Il numero totale di tamponi contenuto nella tabella ufficiale della Protezione Civile (quindi con dati forniti dalla Provincia) alla data del 15 gennaio riporta 480.620.
    La differenza è quindi di 54.079 tamponi.
    Tali tamponi sembrerebbero quindi non essere stati conteggiati nei dati trasmessi a Roma dalla Provincia, nel periodo dal 4 dicembre 2020 al 14 gennaio 2021.
    Se così fosse sarebbe importante conoscere le motivazioni di tale discrepanza.
    Se fosse confermato tale numero di tamponi rapidi sarebbe importante conoscere anche quanti siano stati i tamponi "positivi" rispetto ai 54.079 effettuati.

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    1. La Protezione Civile Nazionale conta i tamponi rapidi solo dal 15 gennaio in poi. Tutti quelli fatti fino al 14 gennaio non sono stati considerati.

      Nel periodo 4 dicembre - 14 gennaio i tamponi rapidi hanno evidenziato 8.880 positivi. Secondo quanto comunicato nei comunicati stampa giornalieri della Provincia nello stesso periodo sono state confermate con il tampone molecolare (e comunicate a Roma) 3.185 persone. Tutti gli altri sono spariti dalle statistiche ufficiali.

      Sottolineo che si tratta di stime SE&O basate sui comunicati stampa e pertanto potrebbero non essere precisissime, ma se diciamo che in questo periodo sono spariti 5.000 contagi non siamo molto distanti dalla verità.

      A questi si aggiungono i contagi (molti di più a mio avviso) che sono spariti prima dal 28 ottobre (data di inizio dell’utilizzo dei tamponi rapidi in Trentino) fino al 3 dicembre.

      Quando sostengo che durante la seconda ondata il Trentino ha fatto sparire dalle statistiche ufficiali almeno 10.000 contagi, probabilmente sottostimo il dato.

      A questo punto la Giunta Provinciale dovrebbe fare solo una cosa: dire tutta la verità.

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  2. Circa l'importanza del sequenziamento, ho trovato interessante questo articolo di 3 giorni fa dell'Università di Padova: https://ilbolive.unipd.it/it/news/pandemia-ruolo-chiave-sequenziamento-genomico

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    1. Grazie per la segnalazione.

      Questo sito dell'Università di Padova è una fonte di informazioni qualificate rispetto all'evoluzione della pandemia (anche se il sito non è specifico e copre tutte le attività scientifiche dall'Ateneo patavino).

      Oltre alla qualità scientifica, il sito si caratterizza anche per la capacità di presentare argomenti complessi con chiarezza e semplicità, ma senza banalizzazioni.

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